Đầu năm 1973, Vũ Ngọc Nhạ và Huỳnh Văn Trọng được đưa về trại giam Chí Hòa quản thúc theo quy chế tù chính trị theo Hiệp định Paris. Trong thời gian này, lợi dụng ảnh hưởng của mình và nhờ sự giúp đỡ của linh mục Hoàng Quỳnh, Vũ Ngọc Nhạ nối lại mối quan hệ với các tổ chức chính trị thuộc "Lực lượng thứ 3" do tướng Dương Văn Minh cầm đầu. Lo ngại những hoạt động của ông có thể gây ảnh hưởng xấu đến chính quyền, ngày 23 tháng 7 năm 1973, chính phủ Việt Nam Cộng hòa đã trao trả ông tại Lộc Ninh cho phía Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam Việt Nam, với danh xưng là "linh mục Giải phóng", với mục đích đẩy ông ra xa các hoạt động của chính giới Sài Gòn.

Sau khi được trao trả, cuối năm 1973, ông được đưa về Phòng tình báo quân sự để làm công tác xác minh. Đầu năm 1974, sau khi đã kiểm tra thông tin, ông được khôi phục hoạt động bí mật và được công nhận quân hàm Trung tá Quân đội nhân dân Việt Nam. Trong thời gian này, ông đồng thời nhận được quyết định khen thưởng về thành tích của Cụm A.22 đồng thời với quyết định kỷ luật cảnh cáo vì chịu trách nhiệm trong việc lưới tình báo này bị vỡ. Tháng 4 năm 1974, ông trở về hoạt động bán công khai tại Củ Chi, với mục đích xây dựng một cụm tình báo chiến lược mới do ông làm cụm trưởng, xây dựng cơ sở tình báo và nối lại quan hệ với các tổ chức chính trị thuộc Lực lượng thứ 3, đặc biệt là khối Công giáo. Tháng 1 năm 1975, ông trở lại Sài Gòn, sống bất hợp pháp và hoạt động trong Lực lượng thứ 3 với tư cách là một đại biểu Công giáo. Ngày 30 tháng 4 năm 1975, ông có mặt bên cạnh tướng Dương Văn Minh tại dinh Độc Lập, chứng kiến những giờ phút cuối cùng của chế độ Việt Nam Cộng hòa.